甲殼素肥有廣譜抗菌性。研究表明，甲殼素誘導作物產生多種抗性物質，對由病毒、真菌、細菌等引起的病害的防治都有效。尤其重要的是，對病毒病的防治過去往往是植保的難題，而用甲殼素農藥防治效果卻十分理想。應用甲殼素對作物炭疽、疫病、枯黃萎、根腐等病害均可預防並直接控製。
研究發現，經常使用甲殼素的作物還較少發生蟲害。在昆蟲剛孵化成幼蟲時用甲殼素農藥效果最好。甲殼素對各種蚜蟲均有明顯的觸殺作用，蚜蟲觸藥後4～12小時即死亡。
甲殼素可作為藥物緩釋劑，延長藥物作用時間和減少用藥量；還可在植物表麵形成一層半透膜，阻止有害生物的入侵。因此，甲殼素及其衍生物可作糧食、蔬菜作物等種子的處理劑，激發種子提前發芽，促進作物生長，提高抗病能力，從而提高作物產量。
甲殼素肥料進入土壤後可以促使有益細菌如固氮菌、纖維分解菌、乳酸菌、放線菌的增生；抑製有害細菌如黴菌、絲狀菌的生長。甲殼素可生物降解轉化成優質的有機肥料，供作物吸收利用，同時可有效的改善土壤團粒結構，有效改良土壤，改善作物的生存環境，是一種多功能的土壤改良劑。
甲殼素在果實表麵形成薄膜，對病菌的侵害起阻隔作用，而且這層膜有良好的保濕作用和選擇性透氣作用，因此甲殼素可以成為果蔬保鮮劑的最好原料。
甲殼素誘導作物產生的多種抗性物質中，有些具有預防、減輕或修複逆境對植物細胞的傷害的作用，因此施用甲殼素可提高作物的抗寒冷 、抗高溫、抗旱澇、抗鹽堿、抗肥害、抗氣害、抗營養失衡等抗逆性。
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